Det finns olika sätt att finansiera en tillsyn av strandskyddsbestämmelserna. Grunden är dock att tillsynen ska vara självfinansierande och därmed inte belasta kommunens budget. Kommunen kan antingen ta ut en avgift för alla tillsynsbesök eller välja att bara ta ut en avgift för de besök som resulterar i åtgärdskrav eller föreläggande. Om tillsynsbesöket resulterar i en dispensansökan kan det vara motiverat att efterskänka tillsynsavgiften och bedöma att tillsynen inkluderas i avgiften för hantering av dispensansökan. Nedan beskrivs ett antal olika sätt att bygga upp tillsynstaxan.
Tillsynsavgiften kan tas ut per timme baserat på miljöbalkstaxan, som beslutats av kommunfullmäktige. Fördelen med att ta ut en avgift per timme är att fastighetsägaren har möjlighet att påverka avgiften genom att i förväg rätta till sådant som eventuellt kan komma att föreläggas om rättelse för och på så sätt undvika en högre avgift.
Med en timtaxa finns även möjlighet att ta ut den verkliga kostnaden för ärenden som drar ut på tiden, exempelvis vid föreläggande om rättelse och upprepade tillsynsbesök när rättelse inte skett eller om fastighetsägaren inte meddelar om rättelsen utförts.
I tillsynsavgiften räknas all tid in, exempelvis tid för förberedelse, restid, faktisk tid på plats och tid för att skriva kommuniceringar och beslut.
En variant av löpande avgift är att en del av avgiften är fast, enligt ett schablonvärde. Taxan kan då, utöver den rörliga delen för den faktiska tillsynen, exempelvis innefatta en fast del bestående av:
Tillsynsavgiften kan också tas ut som en fast avgift, exempelvis 5 timmar för ett tillsynsbesök och 2,5 timme för varje uppföljande besök. Vid en fast avgift är det tydligt för fastighetsägaren vad hen kommer att betala och det är en enklare administrativ hantering för kommunen. Det är dock att föredra att det i den beslutade taxan finns möjlighet att sätta ned eller efterskänka avgiften vid särskilda skäl med hänsyn till ärendets omfattning, nedlagd handläggningstid och övriga omständigheter.